Marvel reveló que la Temporada 2, con nuevo diseño, se lanzará en breve. En la Temporada 2, los jugadores podrán experimentar un nuevo sistema llamado Chapter Mastery, con nuevas misiones, bonos y premios. Heroic Battles (batallas heroicas), luchas que involucrarán héroes y villanos sin agentes, también se presentarán por primera vez. Estas serán misiones en paralelo que involucrarán enfrentamientos clásicos, como Wolverine Vs. Dientes de Sable, o Cable y Deadpool unidos para el combate. También se revelaron nuevos eventos Incursion, que facilitarán batallas contra agentes y héroes de otras realidades.
En esta nueva temporada, los jugadores podrán sumergirse aún más en el combate con el nefasto Círculo de los Ocho, disponible por primera vez. Este culto espeluznante es de lo más malévolo; ha matado a héroes y villanos del Universo de juegos Marvel y corresponde a los agentes de S.H.I.E.L.D. detenerlo antes de que ejecuten el siguiente de sus planes.
También se dio a conocer una nueva misión especial Spec Op, con los personajes de la trama “Dark Reign”. En esta misión, un enorme accidente industrial ha provocado que el Consejo de Seguridad Mundial considere anular el mandato de defensa de S.H.I.E.L.D. Dell Rush ha reunido a un equipo de Dark Avengers, que incluye a Yelena Belova, Bullseye, Ragnarok, Daken y Venom, para destruir a los héroes. Si los jugadores son capaces de poner fin al plan, harán que el poderoso Ares aparezca como un personaje dentro del juego.
Durante el panel también se reveló que el próximo personaje-recompensa PVP (jugador contra jugador) será Bishop, mientras que el nuevo premio Lockbox PVP será Elektra. Estos personajes acompañarán una nueva característica PVP que permitirá a los jugadores separar sus conjuntos de equipos y armas para PVP y Misión.
